在行政诉讼中，确定适格被告的依据是所谓法定主体原则，即：行政机关作出了被诉的那个行政行为，或者没有作出被申请的行政行为，并且该机关在此范围内能对争议的标的进行处分。《中华人民共和国行政诉讼法》第二十六条第一款“公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，作出行政行为的行政机关是被告”的规定就是法定主体原则的具体体现。通常情况下，法定主体原则具体包括这样两个要件：第一，谁行为，谁为被告；第二，行为者，能为处分。以行政协议之诉而言，所谓“谁行为”，就是指谁是行政协议的相对方；“能处分”，就是指该相对方有能力履行协议所约定的给付义务。

        尽管行政协议在性质上仍然属于一种行政行为，在主体、标的以及目标等方面与民事合同多有不同，但它的确是一种“最少公法色彩、最多私法色彩”的新型行政行为。与民事合同类似，行政协议同样是一种合同，同样基于双方或者多方当事人的意思合致，同样具有合同当事人地位平等以及非强制性等特点。正是基于这种类似性，在行政协议诉讼中“可以适用不违反行政法和行政诉讼法强制性规定的民事法律规范”。

        合同相对性原则是指，合同主要在特定的合同当事人之间发生法律约束力，只有合同当事人一方才能基于合同向合同的相对方提出请求或者提起诉讼，而不能向合同相对方以外的其他主体主张。同理，行政协议的一方当事人针对协议提起诉讼，只能以协议的相对方为被告，以协议相对方以外的其他主体为被告提起诉讼，是对合同相对性原则的违反，也是对《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十五条第二款规定的违背。